んーと、理由はいろいろあると思うんですが、たとえば、引用するにあたってはページ数を指定する必要がありますので、普通のウェブサイトだとそれがやりにくいですね（細かくページを分けることで対応できるかもしれませんが、まあそれはそれで面倒です）。
　基本的にはそういう、ブラウザによって見え方が異なる状態だと学術的な厳密さが保証されにくい、といったことが主な理由だと思います。図や数式を多用する論文だと、HTMLではやりにくいのでその部分は画像にせざるをえませんが、これもあんまり多いと見にくくなりますね。あとは、こっそり加筆とか修正をするのもいけないことなので、そういうのが（比較的）やりにくいPDFデータを公的機関が公開しておくのにはその防止というか、これ元のままです、という保証をする意味もあります。
　ただ、一般の方には普通のHTMLのウェブサイトのほうが読みやすいということもあるかもしれませんので、一方でそうやって公式PDFをどこかに置くことで学術的な保証をしつつ、もう一方で一般向けのウェブサイトに同じものを掲載するというのもありかもしれません。文中でリンク貼って相互参照しやすくするといったこともやりやすいですし（これはPDFでもできますが、まあ）。
　PDFだと読みにくいと感じたことはあんまりないのですが、一般的な感覚としてはそのへんどうなんでしょうかね。やたらに余白が大きいとか、行間がむやみにあいているとか、変なPDFだと印刷設定に手間取ることはありまして、あれどうにかならんものかとは思いますが……。