Mirá, por un lado tenés que aprender los fundamentos teóricos de la programación, eso lo vas a aprender de algún libro, posiblemente viejo, de programación en lenguajes como C++, Java, Pascal, tal vez .Net. Por otro lado tenés que aprender las características de cada lenguaje, en ese sentido podés empezar por el que quieras, el que te interese, y hay muchos cursos y tutoriales, incluso en youtube. Tenés que recorrer ambos caminos, cada cual prefiere empezar por uno u otro.
Creo que lo ideal para aprender es tener ganas de hacer algún proyecto, eso te motiva bastante a fijar los conocimientos.
HTML y CSS no son lenguajes de programación. Aunque son la base necesaria para hacer páginas web. Además de eso tenés que saber javascript para programar algo del lado del cliente (código que se ejecuta en el navegador) y por ejemplo, php+sql para programar páginas realmente, que hagan algo realmente. Eso si tu interés es hacer páginas web. Si tu interés es hacer apps de celular, podrías empezar con java. Si te interesa hacer programas para windows 10, capaz empezás con .Net, C#. Si querés hacer programas multiplataforma, hay otras opciones.
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