それのどこが感じ悪いのか全然わからない

文面としては問題ないように感じます。
そもそも、部下が頼んでくる？というニュアンスでしょうか。

ただ受け取ったってだけの返事だと思いますけど……逆になんて言ってほしかったんですか？

普段の対応によると思いますが、自分は気になりません。
メールを確認してすぐ返信してくれたんだろうなぁ、これから資料見て頑張るんだろうなぁ、という気持ちです。

私が上司なら、簡潔でいいと思うし悪い印象は持たないだろうと思います。「拝見」という謙譲語で必要十分な敬意を表していますから。むしろ「させていただきます」が過剰で、「これから拝見いたします」がベスト。でもたいていの人は、これでは無愛想すぎると思うのでしょう。純粋に感謝の意を示すだけでいいはずなのに「わざわざすみません」のように謝るのが美徳みたいな慣習は、個人的には不要で無意味と思いますが、そう思うのは少数派なんでしょうね。

iie

優しい上司さんですね

部下に頼まれるの？あなたは管理職ではないのですか？

謙譲語を二つ使ってしまったんですね、メール拝読いたしましたありがとうございます、くらいでいいですね、状況を見て処分をいたしましょう

どこが？なんも問題ないけど