Разграничение написаний: 1) да, да (через запятую); 2) да-да (с дефисом); 3) да — да (через тире) — связано с различием в их значениях. Ср.: Я люблю её! Да, да! (Герц.) — усиленное утверждение, в значениях «конечно», «совершенно верно»; Он поспешил согласиться: «Да-да, обязательно» — экспрессивно выраженное подтверждение, с оттенком торопливости, нетерпения; Терять ему было нечего: да — да, нет — нет — в значении «если да, то да, если нет, то нет».
Междометие "да-да-да" пишется через дефис.