HAD上での分散分析の多重比較ではp値と調整p値が出力されますが、結果の解釈の際にはどちらを参考にしたらいいのでしょうか。

常に調整p値を参照してください。なお,名義有意水準を表示させたい場合は,分散分析のモデリングスペースの「名義有意水準」というチェックボックスをチェックしてください。すると,調整p値の代わりに,有意水準が表示されて,有意だったらsig,非有意だったらns.が表示されます。