Ale oczywiście trzeba wspomnieć o prześladowaniach i krzywdach, jakie miały miejsce w przypadku Indian. Najgorsze instynkty wyzwalały się wtedy, gdy koloniści, ludzie świeccy, znaleźli się z dala od prawa i postanowili się wzbogacić kosztem innych. Weźmy chociażby pod uwagę fakt, że najsilniejsze prześladowania rdzennej ludności indiańskiej zaczęły się… w 1760r. gdy to wypędzono z niej jezuitów. Natomiast już wcześniej, w 1604r. o. Lorenzana (jezuita) wezwał kolonistów do oswobodzenia niewolników indiańskich pod sankcją ekskomuniki. Spowodowało to gwałtowną reakcję osadników - Indianom zakazano zwracania się do duchownych (nawet pod karą śmierci), a misjonarzy odcięto od dostaw żywności i środków finansowych. Tworzono również coś na zasadzie "centrów edukacji", które miały nie tylko edukować, ale respektować wolność Indian, o czym wspomniał chociażby sam o. Ruiz de Montoya. Twierdził on, że Indianie są wolnymi ludźmi, wartościowymi obywatelami, że należy budować porozumienie między tubylcami a Europejczykami, a z samych Indian nie wolno przerabiać na Europejczyków. Te "centra edukacji" były odpowiedzią na obozy przymusowej pracy fundowanej przez świeckich kolonistów, którzy próbowali siłą zdobyć siłę roboczą pod pretekstem "nawracania". Lecz trudno jest jednoznacznie ocenić kolonizację Ameryki. Wojownicze plemiona nieustannie atakowały i starały się mordować Europejczyków, którzy z kolei wyżywali się i mścili na nich, gdy udało im się wygrać starcia, czy zdobyć osady. Nie można jednak racjonalnie stwierdzić, że dochodziło do jakiejkolwiek
"eksterminacji" Indian. Powód tego jest prosty - poza samą ekskomuniką, na jaką stale narażali się brutalni kolonizatorzy, powstrzymywały ich od zabijania przede wszystkim względy ekonomiczne. Przewiezienie odpowiedniej ilości robotników z Europy do Ameryki oznaczało ogromne koszty, dlatego swoją chciwość musiano zaspokajać wykorzystując siłę roboczą obecną na miejscu. Gdyby eksterminacja faktycznie była celem, Europejczycy szybko pozbawiliby samych siebie możliwości łatwego i skutecznego zysku. Śmierci wielu Indian winna jest także kwestia czysto biologiczna i brak możliwości obrony organizmów Indian przez chorobami, na które Europejczycy byli już w miarę odporni, a które "przywieźli" ze sobą. W późniejszym czasie, zważając też na wiele nadużyć jakich dopuścili się Europejczycy, Kościół uformował prawo międzynarodowe, oparte na tym moralnym. Ze względu na to, że pierwsze ataki na hiszpańską politykę kolonialną wyszły właśnie z Kościoła, a kolejne badania i działania teologów w celu zaprzestania prześladowań opierane były na moralności katolickiej, uznaje się KK za twórcę prawa międzynarodowego.